No final da década de 80, a Aeroflot tinha uma frota que rondava os 11 mil aviões e helicópteros(pois toda matrícula CCCP na união soviética era de propriedade da Aeroflot, independente se era aeronave civil ou militar na Russia). Em 1991, após o colapso da União Soviética, as novas repúblicas fundaram suas próprias companhias aéreas, levando a profundas alterações na Aeroflot. A companhia dividiu a sua frota por mais de 400 empresas independentes.Nessa altura a empresa começou a utilizar, pela primeira vez no sua historia, aviões construídos fora da Rússia. O primeiro foi, em 1992, um europeu Airbus A310-300, seguido em 1993 por dois Boeing 767, de construção norte-americana. Em 1995 a Aeroflot tornou-se uma empresa pública. Actualmente, tem mais de 100 destinos para mais de cinquenta países, sendo uma das principais companhias aéreas do mundo.